Alger entra dans l'Époque Moderne en tant que petit port de 20 000 habitants. Mais en 1510, la ville d’Alger fut conquise par les espagnols et le Peñon d’Alger fut construit : une forteresse ayant pour but de défendre et protéger la ville (cible stratégique en raison de sa position sur la côte méditerranéenne).

En 1516, le roi Ferdinant le Catholique meure et les habitants en profite pour se révolter contre la domination espagnole. Le corsaire turc Barberousse devint maître de la ville d’Alger après avoir assassiné Salim at-Toumi, qui avait travaillé avec les Espagnols pour dégager les corsaires. La forteresse du Peñon restera sous contrôle espagnol. Alger fut attaquée par des expéditions espagnols en 1516 et 1518 qui furent toutes deux un échec. Barberousse parviendra à obtenir le soutien des Ottomans.

C’est également sous Barberousse que la régence d’Alger naquit. C'était alors un état vassal de l’Empire ottoman, bien qu’assez indépendant de facto. Le nom de la ville servira également à nommer le pays entier, El Djazaïr. La régence devait un impôt aux Ottomans et était également chargé de leur fournir des chevaux. La ville était très cosmopolite, avec une population arabe, berbère, turc, maure, juive etc... Ainsi, plusieurs langages cohabitaient, tels que l'osmanli (langage turc), l'arabe et un hébreu arabisé.

Sous l'égide de Barberousse, Alger deviendra une ville corsière (vols et pillages de villages en Méditerranéenne). Charles Quint tentera donc de s'emparer de la ville en 1541, ce qui lui permettrait de consolider sa puissance en Méditérranée. Pour se faire, il organisa un siège. Mais un orage combiné à un harcèlement incessant de troupes algéroises mirent fin prématurémant à celui-ci.

La ville d'Alger du faire fâce à de nombreux bombardements. En 1682 après que le Dey d'Alger (gouverneur) ait fait une déclaration de guerre, la marine française royal décida de lancer les hostilités. En 1816, un bombardement néerlando-britannique eu lieu à cause de tensions autour de la piraterie et de l'assassinat de 200 pêcheurs italiens et siciliens.